僭越ながら・・・
ここは走りに関する技術質問にプロもしくは経験者が答える、というのが基本だと認識しています。
なので、ETCなどの現代的なアクセサリをつける事を第一目的とするならば、ズレを感じます。


メリット：6V時代H-Dに関しては電装品は少ないので、おっしゃるとおりの項目です。
デメリット：後述のとおりで基本的に無いです。ただ・・
　電圧コンバート一式が用途に合った十分に高品質な物であること
　その交換作業が確実であること　が前提なのは当然です。
　部品変更にかかわる外観変化は好みなので触れません。

交換部品：電装部品はほぼ総取替えで、ハーネスも良い電線で引き直すべきです。
　　　特に発電機はすぐ下のNo.1434のSKさんの回答をご覧ください(笑)

自動車電装設計での一般論ですが・・・
機能面だけで言えば、電圧は高いほど"あらゆる性能が良くできる"と思って良いです。
同じ能力(ワット)を得る場合、高電圧(ボルト)ｘ低電流(アンペア)なほど
恩恵があります=ロスは電流の"2乗に比例"で増えてしまうので。
これにより、電線も細くでき、安く軽くできてメリット大です。
ただし、感電回避で安全を優先し、世の中の12V製品充実度=調達コスト面&開発と製造容易化
などで今のところ12Vに落ち着いています。(一時期36Vの規格化も進んでいましたが、勢いは衰えています)
SKさんが6Vを肯定されていないのはこういった理由、と私は理解しています。

純正のままであることを満足するか、アップデイトして気持ちよい走りを安定的に得ることで満足するか・・・
道は分かれるのが定説ですが、スタイルを我慢しても、決してカッコ良くないETCをつけるような
割り切りができる方ならば後者のはず。


脱線ですが、リチウムイオンなどの小型軽量なバッテリーとその充電システムがもっと安全一般的に普及して欲しいですね。
　ttp://www.youtube.com/watch?v=lyYBh4ec05c
　ttp://www.tekbattery.com/battery_prices.html
これ見ても、手を出すのはまだ怖いですね。


おまけ(書き出し部と矛盾していて恐縮です・・結局おせっかい、ゴカンベンを）
ETCだけが目的なら・・
1.電池駆動　：直列にすれば12Vは簡単に得られます。
　超小さい乾電池LR-V08などもあります。電圧チェックの上通過してください(笑)　
2.昇圧回路をかます　：直流の昇圧も結構一般的になってきています。が、環境に耐えるような市販品は存じあげません。
　ttp://www.audio-q.com/power.htm　などから電流容量(JRCから開示無し・・0.2A位?）を注意して選択し
　もちろん防水、振動対策をして"自己責任自作"というのも面白いかもしれません。
3.もちろんすべて12V化がベストと思います。

　事務手続きセットアップはもちろん、取り付けも自分にさせない事をどうスルーするか、
　という面も色々問題ありますが、脱線し過ぎになるのでこれはHDNなどで調べるべきかと。

以上長文失礼しました

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